Jupyter notebook上でrpy2を利用してRを使用する方法
rpy2をインポートする
import rpy2
Rのマジックコマンドを有効化する
以下のコマンドを入力することで、
%load_ext rpy2.ipython%R: 1行だけをRのコマンドにする
%%R: セルをRの環境にする
が有効になる。
Rのライブラリーをインポート
%R library(library name)
Rにpythonのオブジェクトを入力
%R -i object
Rからpythonにオブジェクトを出力
%R -o object
起こりうるエラー
From cffi callback
: Traceback (most recent call last): File "C:\Users\anaconda3\envs\rpy-env\lib\site-packages\rpy2\rinterface_lib\callbacks.py", line 133, in consolewrite_ex s = conversion.cchar_to_str_with_maxlen(buf, n, CCHAR_ENCODING) File "C:\Users\anaconda3\envs\rpy-env\lib\site-packages\rpy2\rinterface_lib\conversion.py", line 138, in cchar_to_str_with_maxlen
これはwindows特有のエラーで、Rの文字コードによるエラーだそうです。現在は根本的な解決策はなく、Linux環境を使用することが推奨されています。結果出力には影響がないように思えます。
Jupyter notebook上でのrpy2の設定方法
以下の環境下でのrpy2の設定方法について備忘録を残しておきます。
環境
- windows 10
- conad 23.1.0
- jupyter notebook 6.4.1
- rpy2 3.5.8
anaconda のインストール
詳細に関しては他のページをご参照ください。当ページでは省略します。
rpy2のインストール
condaからとpipからインストールする方法があります。condaからインストールするためには少し工夫が必要なので、ここではpipからインストールすることとします。
pip install rpy2
Rのインストール
詳細に関しては他のページをご参照ください。当ページでは省略します。
R_HOMEの環境変数の設定
rpy2が参照するRのシステムは、指定がない限り、環境変数R_HOMEになります。そのため、R_HOMEを設定する必要があります。R_HOMEはRをインストールした場所、デフォルトでは、
C:\Program Files\R\R-4.2.2
となっているはずです。
jupyter notebookでrpy2を使用してRを使用する
次回ページをご覧ください
陥りがちなエラー
- Rのライブラリが読み込めずエラー
原因: ライブラリの読み込み先が間違っている。
ライブラリをインストールする際に、anaconda経由でRのライブラリをインストールした。R_HOMEのPATHにライブラリがインストールされているか確認する。
